研究機構
| 國家級國際聯合研究中心 | |
| 未來科學國際合作聯合實驗室 | |
| 國家基礎科研與人才培養基地 | |
| 哲學基礎學科人才培養和銀河集團198net基地 | 歷史學基礎學科人才培養和銀河集團198net基地 |
| 經濟學基礎人才培養基地 | 數學基礎銀河集團198net與教學人才培養基地 |
| 物理學基礎銀河集團198net與教學人才培養基地 | 化學基礎銀河集團198net與教學人才培養基地 |
| 生命科學與技術人才培養基地 | 機械基礎課程教學基地 |
| 大學生文化素質教育基地 | |
| 國家高端智庫 | |
| 東北與東北亞研究院 | |
| 教育部人文社會科學重點研究基地 | |
| 東北亞研究中心 | 邊疆考古研究中心 |
| 數量經濟研究中心 | 理論法學研究中心 |
| 中國國有經濟研究中心 | 哲學基礎理論研究中心 |
| 國家2011協同創新中心 | |
| 司法文明協同創新中心 | 出土文獻與中國古代文明研究協同創新中心 |
| 國家文物局重點科研基地 | |
| 體質人類學與分子考古學科研基地 | |
| 吉林省協同創新中心 | |
| 東北亞區域研究協同創新中心 | |
| 吉林省社會科學重點領域研究基地 | |
| 東北亞國際語言文化研究基地 | 高校外語教育研究基地 |
| 吉林省人文社科重點研究基地 | |
| 社會公正與政府治理研究中心 | 創新管理研究中心 |
| 中俄區域合作研究中心 | 日本侵華史研究中心 |
| 廉政研究院 | 高句麗渤海研究中心 |
| 中國人口老齡化與經濟社會發展研究中心 | 農村發展研究中心 |
| 文化遺產保護研究中心 | 中國文化研究所 |
| 中國特色社會主義理論研究中心 | 東北亞地緣政治經濟研究所 |
| 社會發展研究中心 | 殘疾人事業發展研究中心 |
| 犯罪治理研究中心 | 東北區域現代農業發展研究中心 |
| 勞動關系研究院 | 中國地方政府創新研究中心 |
| 吉林特色新型高校智庫 | |
| 創新創業研究院 | 中國文化研究所 |
| 中國人口老齡化與經濟社會發展研究中心 | 中國與俄羅斯及周邊國家合作智庫 |
| 廉政研究院 | 農村發展研究中心 |
| 殘疾人事業發展研究中心 | 東北區域現代農業發展研究中心 |
| 高句麗渤海研究中心 | 犯罪治理研究中心（立項培育） |
| “985工程”科技創新平臺 | |
| 物質制備科學科技創新平臺 | 汽車工程科技創新平臺 |
| 高壓科學與技術科技創新平臺 | 整合生物學科技創新平臺 |
| 工程仿生科技創新平臺 | 集成光電子學科技創新平臺 |
| 東北資源與環境科技創新平臺 | 計算與軟件科學科技創新平臺 |
| “985工程”哲學社會科學創新基地 | |
| 東北亞研究與東北振興哲學社會科學創新基地 | 中國邊疆史地哲學社會科學創新基地 |
| 經濟分析與預測哲學社會科學創新基地 | 法律與經濟全球化哲學社會科學創新基地 |
| 社會發展理論哲學社會科學創新基地 | |
| 國家工程實驗室 | |||
| 艾滋病疫苗國家工程實驗室 | |||
| 國家地方聯合工程實驗室 | |||
| 工程仿生國家地方聯合工程實驗室 | 中草藥育種與栽培國家地方聯合工程實驗室 | ||
| 人類疾病動物模型國家地方聯合工程實驗室 | 高性能聚合物合成技術國家地方聯合工程實驗室 | ||
油頁巖地下原位轉化與鉆采技術國家地方聯合工程實驗室 |
石油化工污染場地控制與修復技術國家地方聯合 工程實驗室 |
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| 國家級動物實驗中心 | |||
| 長春市國家實驗動物中心 | |||
| 國家工程技術研究中心 | |
| 國家地球物理探測儀器工程技術研究中心 |
| 全國重點實驗室 | |
| 集成光電子全國重點實驗室 | 高壓與超硬材料全國重點實驗室 |
| 汽車底盤集成與仿生全國重點實驗室 | 無機合成與制備化學全國重點實驗室 |
| 超分子結構與材料全國重點實驗室 | 人畜共患傳染病重癥診治全國重點實驗室（共建） |
| 深部探測與成像全國重點實驗室 | |
| 教育部重點實驗室 | |
| 符號計算與知識工程教育部重點實驗室 | 分子酶學工程教育部重點實驗室 |
| 工程仿生教育部重點實驗室 | 汽車材料教育部重點實驗室 |
| 病理生物學教育部重點實驗室 | 地球信息探測儀器教育部重點實驗室 |
| 人獸共患病研究教育部重點實驗室 | 地下水資源與環境教育部重點實驗室 |
| 新型電池物理與技術教育部重點實驗室 | 器官再造與移植教育部重點實驗室（籌） |
| 數控裝備可靠性教育部重點實驗室 | |
| 行業部委開放/重點實驗室 | |||
| 原地礦部變質動力學開放研究實驗室(國土資源部) | |||
| 原地礦部水資源評價管理系列模型開放研究實驗室(國土資源部) | |||
| 原地礦部地球探測技術及儀器開放研究實驗室 | |||
| 原地礦部功能礦物材料應用基礎與物化性能檢測方法開放研究實驗室 | |||
| 原地礦部復雜條件鉆進技術開放研究實驗室 | |||
| 原礦業部應用地球物理綜合解釋理論開放研究實驗室 | |||
| 地球探測技術及儀器國土資源部重點實驗室 | |||
| 復雜條件鉆采技術國土資源部重點實驗室 | |||
| 應用地球物理國土資源部重點實驗室 | |||
| 東北亞礦產資源評價國土資源部重點實驗室 | |||
| 國家中醫藥管理局分子生物學三級實驗室 | |||
| 國家中醫藥管理局中藥化學三級實驗室 | |||
| 國家中醫藥管理局中藥藥代動力學三級實驗室 | |||
| 國家中醫藥管理局中藥生物工程三級實驗室 | |||
| 國家中醫藥管理局中藥藥理三級實驗室 | |||
| 國家中醫藥管理局中藥藥劑三級實驗室 | |||
| 國家中醫藥管理局免疫與分子生物學三級實驗室 | |||
| 國家中醫藥管理局腫瘤細胞生物學三級實驗室 | |||
| 衛生與計劃生育委員會放射生物學重點實驗室 | |||
| 原信息產業部計算機通信重點實驗室 | |||
| 原信息產業部通信軟科學重點實驗室 | |||
| 原信息產業部原通信新技術重點實驗室 | |||
| 原信息產業部信息科學重點實驗室 | |||
| 微結構化學國際聯合研究中心 | |||
| 工程仿生國際科技合作基地 | |||
| 表觀遺傳與人類疾病動物模型國際聯合研究中心 | |||
| 新農村發展研究院（科技部、教育局） | |||
| 部級工程中心 |
| 特種工程塑料教育部工程中心（教育部） |
| 國家863計劃長春特種工程塑料研究開發中心（科技部） |
| 汽車開發工程研究中心 |
| 特種工程塑料教育部工程中心 |
| 有機聚合物光電材料教育部工程研究中心 |
| 網絡技術及應用軟件教育部工程研究中心 |
| 地熱資源開發技術與裝備教育部工程研究中心 |
| 吉林省重點實驗室 |
| 吉林省車輛零部件先進制造技術及系統重點實驗室 |
| 吉林省工程仿生重點實驗室 |
| 吉林省生物識別新技術重點實驗室 |
| 吉林省道路交通創新重點實驗室 |
| 吉林省重大疾病分子與化學遺傳學重點實驗室 |
| 吉林省酵母表達重組蛋白質藥物研發重點實驗室 |
| 吉林省分子病毒學重點實驗室 |
| 吉林省水資源與水環境重點實驗室 |
| 吉林省牙發育及頜骨重塑與再生重點實驗室 |
| 吉林省應用原子分子光譜重點實驗室 |
| 吉林省生物醫學材料重點實驗室 |
| 吉林省油頁巖與共生能源礦產重點實驗室 |
| 吉林省組織修復重建與再生重點實驗室 |
| 吉林省外科轉化醫學重點實驗室 |
| 吉林省組織工程與人類疾病動物模型重點實驗室 |
| 先進氣體傳感器重點實驗室 |
| 吉林省營養與功能食品重點實驗室 |
| 吉林省工程技術研究中心 | |
| 吉林省高壓技術與功能材料工程技術中心 | 吉林省測控智能化儀器工程技術中心 |
| 吉林省金網絡模具工程研究中心 | 吉林省干細胞工程研究中心 |
| 吉林省汽車材料工程研究中心 | 吉林省光譜分析儀器工程技術中心 |
| 吉林省智能信號識別和設備工程技術研究中心 | |
| 吉林省通信軟件產品線工程技術研究中心 | |
| 吉林省醫學影像工程技術研究中心 | |
| 吉林省獸藥工程技術研究中心 | |
| 吉林省東北保護性耕作系統工程技術研究中心 | |
| 吉林省科技創新中心 | |
| 吉林省特種工程塑料科技創新中心 | 吉林省網絡通信軟件科技創新中心 |
| 吉林省納米孔材料科技創新中心 | 吉林省地球探測儀器裝備科技創新中心 |
| 吉林省工程仿生科技創新中心 | 吉林省干細胞組織工程科技創新中心 |
| 吉林省生物納米分子臨床診斷創新平臺 | 吉林省生物治療科技創新中心 |
| 吉林省先進控制與自主系統科技創新中心 | 吉林省新藥臨床前藥理評價科技創新中心 |
| 吉林省胸部疾病診療三維模擬應用科技創新中心 | |
| 吉林省工程實驗室 | |
| 吉林省整車開發與底盤匹配工程實驗室 | 吉林省仿生工程工程實驗室 |
| 吉林省生物催化與生物轉化工程實驗室 | 吉林省納米纖維工程實驗室 |
| 吉林省汽車傳動工程實驗室 | 吉林省有機白光照明工程實驗室 |
| 吉林省中草藥道地性保護研究工程實驗室 | 吉林省社區人群健康護理工程實驗室 |
| 吉林省光通信用聚合物波導器件工程實驗室 | 吉林省基因工程藥物工程實驗室 |
| 吉林省職能化農產品生產裝備與技術工程實驗室 | 吉林省汽車能源與動力工程實驗室 |
| 吉林省地下空間探測工程實驗室 | 吉林省腫瘤組織芯片工程實驗室 |
| 吉林省糖尿病并發癥工程實驗室 | 吉林省新能源材料與技術工程實驗室 |
| 吉林省生物藥物研發與評價工程實驗室 | 吉林省消化內鏡醫學微創工程實驗室 |
| 吉林省呼吸疾病分子診療工程實驗室 | 吉林省給藥系統技術工程實驗室 |
| 吉林省甲狀腺疾病防治工程實驗室 | 吉林省納米醫學工程實驗室 |
| 吉林省智能化口腔治療技術工程實驗室 | 吉林省電子商務關鍵支撐技術工程實驗室 |
| 吉林省環境巖土工程實驗室 | 吉林省油頁巖勘探開發利用工程實驗室 |
| 吉林省移動平臺探測技術與裝備工程實驗室 | 吉林省抗腫瘤藥物工程實驗室 |
| 吉林省潔凈能源材料工程實驗室 | 吉林省個體化醫學檢測技術工程實驗室 |
| 吉林省內皮功能及基因診斷工程實驗室 | 吉林省肝膽胰疾病轉化醫學工程實驗室 |
| 吉林省肝癌早期診斷技術工程實驗室 | 吉林省內分泌代謝性疾病診療技術工程實驗室 |
| 吉林省工程研究中心 | |
| 吉林省汽車零部件制造技術工程研究中心 | 吉林省現代疫苗工程研究中心 |
| 吉林省組織修復與再生醫學工程研究中心 | 吉林省網絡技術及應用軟件工程研究中心 |
| 吉林省動物生物工程研究中心 | 吉林省天然藥物藥理藥效與應用開發工程研究中心 |
| 吉林省醫用生物材料工程研究中心 | 吉林省功能食品工程研究中心 |
| 吉林省腫瘤疫苗工程研究中心 | 吉林省通信新技術工程研究中心 |
| 吉林省動物重大疫情診斷與防控中心 | 吉林省人參創新藥物開發工程研究中心 |
| 吉林省現代檢測技術工程研究中心 | 吉林省資源微生物工程研究中心 |
| 吉林省生物質資源利用工程研究中心 | 吉林省車輛運用裝備工程研究中心 |
| 吉林省激光器驅動與控制工程研究中心 | 吉林省干細胞研究與應用工程研究中心 |
| 吉林省靈芝規范化種植及新產品開發工程研究中心 | 吉林省固體廢棄物資源化利用工程研究中心 |
| 吉林省重離子放射治療技術工程研究中心 | 吉林省獸用生物制品工程研究中心 |
| 吉林省汽車新能源與節能熱利用工程研究中心 | 吉林省高性能計算工程研究中心 |
| 吉林省機電裝備可靠性技術工程研究中心 | 吉林省模式動物工程研究中心 |
| 吉林省紅外氣體傳感技術工程研究中心 | 吉林省金屬材料及加工技術工程研究中心 |
| 吉林省汽車摩擦材料生產技術與裝備工程研究中心 | |
| 省級研究機構（吉林省中醫藥管理局主管） | |
| 吉林省糖尿病中醫病機辯證與中藥研發重點研究室 | 吉林省心血管中藥作用機制及臨床觀察重點研究室 |
| 吉林省中醫藥免疫效應重點研究室 | 吉林省中藥藥理重點研究室 |
| 免疫疾病研究室 | 腎病研究室 |
| 藥理研究室 | 腦腫瘤疾病研究室 |
| 耳鼻咽喉疾病二級實驗室 | 肝病二級實驗室 |
| 腦病二級實驗室 | 周圍神經損傷與再生二級實驗室 |
| 中藥毒理二級實驗室 | 病理生理二級實驗室 |
| 病理二級實驗室 | 基因工程制藥二級實驗室 |
| 病原微生物二級實驗室 | 中藥生物工程二級實驗室 |
| 中藥藥理二級實驗室 | 組織與細胞化學二級實驗室 |
| 天然藥物活性成分分析二級實驗室 | 生物藥學二級實驗室 |
| 中藥制劑二級實驗室 | |
| 吉林省高校重點實驗室（吉林省教育廳主管） | |
| 應用有機化學重點實驗室 | 生物制藥工程重點實驗室 |
| 軟件新技術重點實驗室 | 表面與界面化學重點實驗室 |
| 汽車能源與動力重點實驗室 | 智能化農業裝備與技術重點實驗室 |
| 工程裝備先進設計制造技術重點實驗室 | 水資源與水環境重點實驗室 |
| 動物胚胎工程重點實驗室 | 神經病學和神經病科學重點實驗室 |
| 油頁巖與共生礦產成礦及勘查開發重點實驗室 | 組織修復與重建重點實驗室 |
| 數量化科學計算重點實驗室 | 作物基因工程重點實驗室 |
| 血液病和腫瘤學重點實驗室 | |
| 吉林省高校工程研究中心 | |
| 金屬礦產資源勘查技術與評價工程研究中心 | |
| 吉林省國際科技合作基地（吉林省科技廳主管） | |
| 吉林省轉化醫學國際科技合作基地 | |
| 吉林省地下新能源開發與地質環境修復國際科技合作基地 | |
| 吉林省現代農業推廣國際科技合作基地 | |
| 吉林省干細胞轉化醫學國際科技合作基地 | |
| 吉林省工程仿生國際科技合作基地 | 吉林省空腔生物醫學國際聯合研究中心 |
| 吉林省肝膽胰外科國際科技合作基地 | |
| 吉林省重大心血管疾病預防、診斷和治療國際科技合作基地 | |
| 吉林省計算系統生物學國際科技合作基地 | 吉林省食源性寄生蟲病研究國際科技合作基地 |
| 吉林大學哲學社會科學重點研究基地 | |
| 社會公正與政府治理研究中心 | 創新創業研究院（下設創新管理研究中心、創業研究中心、中以創新創業合作研究中心） |
| 中國古文字研究中心 | 東北文化與社會發展研究中心 |
| 中俄區域合作研究中心 | 中國特色社會主義理論體系研究中心 |
| 中日經濟共同研究中心 | 高句麗渤海研究中心 |
| 其他科研機構、實驗室 | |
| 東北亞研究院 | |
| 古籍研究所 | |
| 高等教育研究所 | 國際關系研究所 |
| 南方研究院（深圳研究院） | 全面依法治國重大問題研究中心 |
| 邊疆考古與中國文化認同協同創新中心 | 國家治理協同創新中心 |
| 中國外交理論與實踐協同創新中心 | 社會發展研究中心 |
| 東北歷史與疆域研究中心 | 知識經濟研究中心 |
| 信息資源研究中心 | 中國當代馬克思主義文藝學研究中心 |
| 婦女研究中心 | 中國與周邊國家區域合作研究中心 |
| 中國人口老齡化與經濟社會發展研究中心 | 殘疾人事業發展研究中心 |
| 民族研究所 | 農村發展研究中心 |
| 農村金融研究中心 | 東北亞地緣政治經濟研究所 |
| 粵港澳臺區域合作與發展研究中心 | 中國科技政策與科技管理研究中心 |
| 文化遺產保護研究中心 | 吉林省長吉圖開發開放研究中心 |
| 吉林大學-加州州立大學中美比較管理聯合研究中心 | 俄羅斯現代化研究中心 |
| 中國地方政府創新研究中心 | 日本研究所 |
| 俄羅斯研究所 | 朝鮮研究所 |
| 韓國研究所 | 蒙古研究所 |
| 歐洲研究所 | 美國研究所 |
| 中國區域社會史研究中心 | 體育與健康管理研究中心 |
| 中國企業社會風險與責任研究中心 | 認知美學與美育研究中心 |
| 教育與現代產業發展研究院 | 信息化與信息管理研究中心 |
| 吉林大學（中國）—西蒙菲莎大學（加拿大）生物考古學聯合實驗室 | 廉政研究院 |
| 日本侵華史研究中心 | 北極研究所 |
| 東北亞國際語言文化研究中心 | 高校外語教育研究中心 |
| 勞動關系研究院 | 吉林大學—中國（海南）改革發展研究院經濟政策定量研究中心 |
| 東北振興發展研究院 | |
| 吉林大學國家發展與安全研究院 | |
| 理論化學研究所 | 原子與分子物理研究所 |
| 輥鍛工藝研究所 | 鏈傳動研究所 |
| 再生醫學研究所 | 超塑性與塑性研究所 |
| 數學研究所 | 實驗動物中心 |
| 古生物與地層學研究中心 | 人獸共患病研究所 |
| 吉林大學-佐治亞理工學院理論科學聯合研究院 | 汽車研究院 |
| 深部探測關鍵儀器裝備研制與實驗重大項目管理辦公室 | |
| 吉林大學“國家潛在油氣資源（油頁巖勘探開發利用）”產學研用合作創新基地辦公室 | |
| 水資源與環境研究所 | 農業機械工程研究院 |
| 計算機科學技術研究所 | 吉林省地面機械仿生技術與仿生功能材料中試基地 |
| 組合化學與創新藥物研究中心 | 東北亞國際地學教學與研究中心 |
| 綜合信息礦產預測研究所 | |
| 麥克德爾米德實驗室 | 光譜分析研究中心 |
| 礦產資源研究院 | 油頁巖合作創新基地 |
| 光譜分析儀器工程技術中心 | 吉林大學組合化學研究中心 |
| 吉林大學車輛檢測技術研究與開發中心 | 吉林大學前列腺疾病防治中心 |
| 吉林大學理論物理中心 | 吉林大學汽車運輸工程研究中心 |
| 智能儀器與測控技術研究所 | 吉林大學地下能源與廢物處置研究所 |
| 吉林省機械化保護性耕作研究中心 | 吉林大學JLU-UPV多孔材料分子工程國際聯合實驗室 |
